電化學抑制器分為三個室，分別為兩膜之間的抑制室和膜兩側的陽極再生室、陰極再生室。再生室中裝有電極，通過電解水產生H+或OH-來滿足化學抑制器所需的離子，而后，離子在電場的作用下，陽極產生的H+透過陽離子交換膜進入抑制室，而抑制室淋洗液及樣品中的陽離子透過陽離子交換膜進入陰極室，這樣就將抑制室中的淋洗液及樣品全部轉化成為相應的酸。